Milagainių dvaras buvo įsikūręs apie 200 m nuo kelio Upininkai–Bukonys.  Jam priklausė apie 200 ha geros žemės, dirbo daug samdinių. Manoma, kad dvaro istorija siekia XIX a. pradžią.

1995 m. buvo likę dvaro statiniai: centrinis gyvenamas medinis namas, prievaizdo namas, tarnų namas, tvartai, arklidės, kalvė, svirnas, klėtis, malūnas, trys kumetyno namai.Dvaro statinius juosė liepų alėjos, augo didžiulis sodas. Pasak žmonių pasakojimų, prieš karą dvarą valdė ponų Kozėlų karta. Dvaras buvo stiprus ūkiniu atžvilgiu, turėjo degtinės monopolį. Tolimesnis ponų likimas nežinomas.

Po karo, 1946 m., dvaro gyvenamajame name įsikūrė Milagainių pradinė mokykla.

O ėmus kurtis kolūkiams, jame veikė kontora, biblioteka, parduotuvė, gyveno mokytojai.

Šio pastato nebėra, dvarvietę mena prievaizdo namas, tarnų namo likučiai, tvartai, svirnas, malūnas, arklidės, du kumetyno statiniai. Dvaro teritoriją tebepuošia liepų alėja, sodas.