Pastatytas 1967 m. kaip priestatas senai mokyklai. Naujajame statinyje įrengta erdvi  sporto salė, sanitariniai mazgai. Klasėse vidutiniškai mokėsi apie 20 mokinių. Mokyklos katilinė šildė du mokyklos pastatus, bendrabutį, dirbtuves, mokytojų gyvenamuosius butus.

Daugiau apie mokyklos istoriją

Panoterių mokyklos ugdymo procese didelis dėmesys buvo skiriamas kraštiečiui, poetui, dramaturgui, kilusiam iš Piliakalnių kaimo, atminti.

1990 metais liepos 11 d., minint P. Vaičiūno 100-metį, mokyklai suteiktas mūsų kraštiečio Petro Vaičiūno vardas.

1997 m. mokykloje įsikūrė vaičiūniečių klubas, vadovaujamas mokytojos metodininkės Audronės Žagunienės. Jo veiklose dalyvavo 5–10 klasių mokiniai, kuriems patiko kurti, vaidinti, skaityti eiles. Čia jie mokėsi pajusti kalbos grožį, vaidybos meną. Vaičiūniečiai buvo aktyvūs mokyklos ir rajono renginių dalyviai. Nuo 2002 m. Panoterių Petro Vaičiūno pagrindinė mokykla kartu su Jonavos rajono Švietimo, kultūros skyriumi organizuodavo rajoninį bendrojo lavinimo mokyklų moksleivių kūrybos konkursą, skirtą P. Vaičiūno atminimui. Yra išleistos septynios konkurse dalyvavusių rajono moksleivių kūrybos knygeles. Nuo 2009-ųjų vaičiūniečių klubas kas antri metai organizuodavo Jonavos rajono pagrindinių mokyklų moksleivių meninio skaitymo renginius, kurie taip pat buvo skiriami kraštiečio P. Vaičiūno atminimui. 2019 m. įvyko paskutinis Jonavos rajono bendrojo lavinimo mokyklų meninio skaitymo konkursas, nes nuo 2019 m. rugsėjo 1 d. mokyklos nebeliko – ji buvo uždaryta. COVID–19 pandemija ir griežtas karantinas sujaukė konkurso organizavimą 2020 m. Vaičiūniečių klubo veikla nutrūko – liko tik prisiminimai ir mokinių kūrinai, išspausdinti knygelėse.